Probit avec R

R propose des fonctions très générales, les modèles utilisés en économétries sont considérés comme des cas particuliers

Un probit est considéré comme cas particulier des modèles linéaires généralisés. Il s'agit d'un modèle binomial (family=binomial) et la fonction de transformation utilisée est la normale (link=probit)

Les deux scripts suivants sont des tests pour l'appel d'une fonction probit avec R sous php et l'exploitation de données mysql. L'objectif ici est d'expliquer la contractualisation de mesures herbagères par des éleveurs (200 000 bénéficiaires sélectionnés) par différents critères :

• la SAU de l'exploitation
• age du chef d'exploitation
• le type de société (individuel ou non)
• contractualise une ichn
• est en zone défavorisée ou montagne (inat1 et inat2)

fichier d'appel de la fonction probit dans R

#probit2.par
#tests pour probit, Cédric janvier 2007

library(RODBC)

channel1 <- odbcConnect("myodbc", "")

objA <- sqlQuery(channel1, "select * from probit.probit ")

# probit 
res <- glm(mae ~ sau + age + fsoc1 + ichn + inat1 + inat2, family=binomial(link=probit), data = objA)

res2 <- summary(res)

# récupération du tableau des estimations
trait <- res2$coefficients

# test khi2 à vérifier (normalement pour poisson)
#X2 <- sum(residuals(res, type ="pearson")^2)
#ddl <- df.residual(res)
#chi <- 1 - pchisq(X2, ddl)

# création du fichier texte
db <- "c:/Documents and Settings/cedric/Bureau/probitessai.txt"

# écriture du fichier texte
write.table(x=trait,file=db,quote=FALSE,sep=";",row.names=TRUE,col.names=FALSE)

odbcClose(channel1)

q()



# autre requête à tester
house.probit<-polr(mae ~ sau + age + fsoc1 + ichn + inat1 + inat2, data = objA, weights = Freq, method = "probit") 

Fichier PHP d'appel du script R pour produire le traitement

utilisation d'easyphp en local

<?

/* 
probit sous R
Connexion BD test
http://localhost/test_probit_cedric.php
Cédric Janvier 2007
*/

$t = time() ;

echo "lancement du traitement : probit sous R <p />" ;

echo " Ouverture en lecture du fichier de commande R <p />";

if ( !($fichier_R = fopen ('probit2.par', 'r')))
	{
	print("impossible d'ouvrir le fichier probit2.par");
	exit;
	}


fclose ($fichier_R);

$mysqldata = "c:\\easyphp\\mysql\\data\\$base\\";

echo "traitement sous r (long) <p />" ;

// exécution de R
$ATraiter = "c:\\rw2001\\bin\\Rterm.exe -q --no-restore --no-save < " . "probit2.par" . ">". "fichier_sortie";
exec ($ATraiter);

// affichage
echo "Impression des resultats dans un tableau <p />" ;
flush();

// lecture des lignes du fichier résultat probitessai.txt
if ( !($fic_sortie = fopen ('C:\\Documents and Settings\\cedric\\Bureau\\probitessai.txt', 'r')))
	{
	print("impossible d'ouvrir le fichier probitessai");
	exit;
	}

while (!feof($fic_sortie))
	{
	$ligne = fgets ($fic_sortie, 500);
	$ligne = trim($ligne) ;
	if($ligne == '' ) continue ;
	$ligne = explode(";" ,$ligne);
	$var[] = $ligne[0] ;
	$estim[] = $ligne[1] ;
	$stderror[] = $ligne[2];
	$zvalue[] = $ligne[3];
	$prz[] = $ligne[4];
	}

// entête du tableau HTML
echo "<TABLE border=0 cellspacing='0' cellpading='5' >";

echo "<tr BGCOLOR = #009900><td colspan='11'></td></tr>";

echo "<tr bgcolor = #EAFCEA align='center'>
<td BGCOLOR = #009900 width = '0px' ></td>
<td></TD><TD BGCOLOR = #009900 ></td>
<td>Estimate</td> 
<td BGCOLOR = #009900 width = '0px' ></td> 
<td>Std. Error</TD><TD BGCOLOR = #009900 width = '0px' ></td>
<td>z value</TD><TD BGCOLOR = #009900 ></td>
<td>Pr(>|z|)</TD><TD BGCOLOR = #009900 width = '0px' ></TD></TR>";

echo "<tr BGCOLOR = #009900 width = '0px' ><TD colspan='11'></td></tr>";

// lignes du tableau
$i = 0 ;
while ( $i < count($var) )
	{
	
	 echo "<tr><td BGCOLOR = #009900 ></td><td>".$var[$i]."</td>"; 
	 echo "<td BGCOLOR = #009900 ></td><td Align = 'right' width = '20%' >"
        .sprintf( "%.7f",$estim[$i])."</td>"; 
	 echo "<td BGCOLOR = #009900 ></td><td Align = 'right' width = '20%' >"
        .sprintf( "%.7f",$stderror[$i])."</td>";
	 echo "<td BGCOLOR = #009900 ></td><td Align = 'right' width = '20%' >"
        .sprintf( "%.2f",$zvalue[$i])."</td>";
	 echo "<td BGCOLOR = #009900 ></td><td Align = 'right' width = '20%' >"
        .sprintf( "%.3f",$prz[$i])."</td>";
	 echo "<td BGCOLOR = #009900></td></tr>" ;
	$i++;
	}

// fermeture du tableau
echo "<tr BGCOLOR = #009900><td colspan='11'></td></tr>";
echo"</TABLE>";

$t1 = time() ;
$temps = $t1 - $t ;
echo "<BR> $temps secondes" ;


?>

Résultats

Les résultats apparaissent dans le navigateur web sous cette forme :